水先由進水口排到第（一）格，在第（一）格里比重較大的固體物及寄生蟲卵等物沉淀下來，利用池水中的厭氧細菌開始初步的發(fā)酵分解，經第（一）格處理過的污水可分為三層：糊狀糞皮、比較澄清的糞液、和固體狀的糞渣。

經過初步分解的糞液流入第（二）格，而漂浮在上面的糞皮和沉積在下面的糞渣則留在第（一）格繼續(xù)發(fā)酵。在第（二）格中，糞液繼續(xù)發(fā)酵分解，蟲卵繼續(xù)下沉，病原體逐漸死亡，糞液得到進一步無害化，產生的糞皮和糞渣厚度比第（一）格顯著減少。

流入第三格的糞液一般已經腐熟，其中病菌和寄生蟲卵已基本殺滅。第三格功能主要起暫時儲存沉淀已基本無害的糞液作用，經過再次沉淀的糞液通過排水管流入市政管網。

四級化糞池則比三級化糞池多了一道發(fā)酵腐化的工序，工藝更細化，水質更干凈。